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Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

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Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Pablo Munoz-2
Dear ImageJ community,

I am having trouble analyzing the fluorescence intensity of a FRET
biosensor in the cortex of the cell (please, see attached image one as an
example). I do not know how to extract only the cortical part of the cell
with FIJI, similar to the fig S3 of this paper
http://www.nature.com/article-assets/npg/srep/2015/151005/srep14693/extref/srep14693-s1.pdf
(
they did this using Matlab, but since I do not know how to use it, I wonder
if it is possible to do this with FIJI).
There is some process with segmentation using threshold, but I could not do
it.
Furthermore, I would like to measure the intensity of fluorescence in some
vesicles structures ( please, see arrows on image 2) and I am trying to
figure it out what is the best method with FIJI to do it.

I will appreciate any suggestion or tips with these problems,
Thanks in advance,

Pablo Munoz

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

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Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Till Bretschneider-2
Dear Pablo,

for quantifying the cortical intensity you might want to try our QuimP software.
The latest version is available here:
http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/

It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have enough feedback from users of the new version.

The new version includes a random segmentation method which is semi supervised. It might help with segmenting the vesicles.

Best wishes,

Till

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
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R: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Casalini Patrizia
Dear Till,

I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.

Best wishes,

Patrizia

-----Messaggio originale-----
Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di Till Bretschneider
Inviato: martedì 17 gennaio 2017 11:22
A: [hidden email]
Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Dear Pablo,

for quantifying the cortical intensity you might want to try our QuimP software.
The latest version is available here:
http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/

It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have enough feedback from users of the new version.

The new version includes a random segmentation method which is semi supervised. It might help with segmenting the vesicles.

Best wishes,

Till

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati

This communication, which may contain confidential and/or legally privileged information, is intended solely for the use of the intended addressees. All information or advice contained in this communication is subject to the terms and conditions provided by the agreement governing each particular client engagement. If you have received this communication in error, please notify us immediately by responding to this email; then please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or distribution of the contents of this communication by a not-intended recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity



--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

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Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

ctrueden
Hi Patrizia,

> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.

As stated on the QuimP installation page [1], your "Manage update sites"
screen should have an entry like this:




Regards,
Curtis

[1]
http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/wiki-pages/installation/

P.S. to Till: Cool software. I encourage you to create some content on the
ImageJ wiki about it (e.g. https://imagej.net/QuimP) and add your update
site to the official list of update sites. It would alleviate problems like
this, and make your software accessible. See also
http://imagej.net/Distribution

--
Curtis Rueden
LOCI software architect - http://loci.wisc.edu/software
ImageJ2 lead, Fiji maintainer - http://imagej.net/User:Rueden
Did you know ImageJ has a forum? http://forum.imagej.net/


On Tue, Jan 17, 2017 at 7:35 AM, Casalini Patrizia <
[hidden email]> wrote:

> Dear Till,
>
> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
>
> Best wishes,
>
> Patrizia
>
> -----Messaggio originale-----
> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di Till
> Bretschneider
> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 11:22
> A: [hidden email]
> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>
> Dear Pablo,
>
> for quantifying the cortical intensity you might want to try our QuimP
> software.
> The latest version is available here:
> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/
>
> It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
> I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have enough
> feedback from users of the new version.
>
> The new version includes a random segmentation method which is semi
> supervised. It might help with segmenting the vesicles.
>
> Best wishes,
>
> Till
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>
> La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate
> e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai
> destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta,
> che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere
> considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore
> la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia,
> rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla
> cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente
> proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso,
> comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da
> parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della
> presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non
> consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati
>
> This communication, which may contain confidential and/or legally
> privileged information, is intended solely for the use of the intended
> addressees. All information or advice contained in this communication is
> subject to the terms and conditions provided by the agreement governing
> each particular client engagement. If you have received this communication
> in error, please notify us immediately by responding to this email; then
> please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or
> distribution of the contents of this communication by a not-intended
> recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly
> prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send
> this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity
>
>
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>
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Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Pablo Munoz-2
Thank you everybody, I will follow your recommendations
Kind Regards
Pablo Munoz

> On Jan 17, 2017, at 10:11, Curtis Rueden <[hidden email]> wrote:
>
> Hi Patrizia,
>
>> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
>
> As stated on the QuimP installation page [1], your "Manage update sites"
> screen should have an entry like this:
>
>
> ​
>
> Regards,
> Curtis
>
> [1]
> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/wiki-pages/installation/
>
> P.S. to Till: Cool software. I encourage you to create some content on the
> ImageJ wiki about it (e.g. https://imagej.net/QuimP) and add your update
> site to the official list of update sites. It would alleviate problems like
> this, and make your software accessible. See also
> http://imagej.net/Distribution
>
> --
> Curtis Rueden
> LOCI software architect - http://loci.wisc.edu/software
> ImageJ2 lead, Fiji maintainer - http://imagej.net/User:Rueden
> Did you know ImageJ has a forum? http://forum.imagej.net/
>
>
> On Tue, Jan 17, 2017 at 7:35 AM, Casalini Patrizia <
> [hidden email]> wrote:
>
>> Dear Till,
>>
>> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
>>
>> Best wishes,
>>
>> Patrizia
>>
>> -----Messaggio originale-----
>> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di Till
>> Bretschneider
>> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 11:22
>> A: [hidden email]
>> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>>
>> Dear Pablo,
>>
>> for quantifying the cortical intensity you might want to try our QuimP
>> software.
>> The latest version is available here:
>> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/
>>
>> It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
>> I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have enough
>> feedback from users of the new version.
>>
>> The new version includes a random segmentation method which is semi
>> supervised. It might help with segmenting the vesicles.
>>
>> Best wishes,
>>
>> Till
>>
>> --
>> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>>
>> La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate
>> e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai
>> destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta,
>> che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere
>> considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore
>> la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia,
>> rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla
>> cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente
>> proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso,
>> comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da
>> parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della
>> presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non
>> consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati
>>
>> This communication, which may contain confidential and/or legally
>> privileged information, is intended solely for the use of the intended
>> addressees. All information or advice contained in this communication is
>> subject to the terms and conditions provided by the agreement governing
>> each particular client engagement. If you have received this communication
>> in error, please notify us immediately by responding to this email; then
>> please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or
>> distribution of the contents of this communication by a not-intended
>> recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly
>> prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send
>> this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity
>>
>>
>>
>> --
>> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>>
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
> <quimp-update-site.png>

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ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
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R: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Casalini Patrizia
In reply to this post by ctrueden
Hi Curtis,
I followed exactly the installation procedure, but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
Best regards,

Patrizia

-----Messaggio originale-----
Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di Curtis Rueden
Inviato: martedì 17 gennaio 2017 16:11
A: [hidden email]
Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Hi Patrizia,

> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.

As stated on the QuimP installation page [1], your "Manage update sites"
screen should have an entry like this:


?

Regards,
Curtis

[1]
http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/wiki-pages/installation/

P.S. to Till: Cool software. I encourage you to create some content on the ImageJ wiki about it (e.g. https://imagej.net/QuimP) and add your update site to the official list of update sites. It would alleviate problems like this, and make your software accessible. See also http://imagej.net/Distribution

--
Curtis Rueden
LOCI software architect - http://loci.wisc.edu/software
ImageJ2 lead, Fiji maintainer - http://imagej.net/User:Rueden Did you know ImageJ has a forum? http://forum.imagej.net/


On Tue, Jan 17, 2017 at 7:35 AM, Casalini Patrizia < [hidden email]> wrote:

> Dear Till,
>
> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
>
> Best wishes,
>
> Patrizia
>
> -----Messaggio originale-----
> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di
> Till Bretschneider
> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 11:22
> A: [hidden email]
> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>
> Dear Pablo,
>
> for quantifying the cortical intensity you might want to try our QuimP
> software.
> The latest version is available here:
> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/
>
> It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
> I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have
> enough feedback from users of the new version.
>
> The new version includes a random segmentation method which is semi
> supervised. It might help with segmenting the vesicles.
>
> Best wishes,
>
> Till
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>
> La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni
> riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata
> esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni
> informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività
> caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in
> cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate
> cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso
> indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo
> messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe
> essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione,
> copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di
> chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della
> presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non
> consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei
> dati
>
> This communication, which may contain confidential and/or legally
> privileged information, is intended solely for the use of the intended
> addressees. All information or advice contained in this communication
> is subject to the terms and conditions provided by the agreement
> governing each particular client engagement. If you have received this
> communication in error, please notify us immediately by responding to
> this email; then please delete it from your system. Any use,
> disclosure, copying or distribution of the contents of this
> communication by a not-intended recipient or in violation of the
> purposes of this communication is strictly prohibited and may be
> unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant
> neither the sender identity nor the data integrity
>
>
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati

This communication, which may contain confidential and/or legally privileged information, is intended solely for the use of the intended addressees. All information or advice contained in this communication is subject to the terms and conditions provided by the agreement governing each particular client engagement. If you have received this communication in error, please notify us immediately by responding to this email; then please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or distribution of the contents of this communication by a not-intended recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
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Re: R: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Piotr Baniukiewicz
Hi Patrizia,

We have slightly changed description of installation procedure on QuimP
website [1] to make it less confusing. If you still face a problem with
installation please let us know by contact form [2] or email.

[1] http://warwick.ac.uk/quimp/wiki-pages/installation

[2] http://warwick.ac.uk/quimp/issue-call/


Best regards

Piotr Baniukiewicz


On 19/01/17 08:18, Casalini Patrizia wrote:

> Hi Curtis,
> I followed exactly the installation procedure, but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
> Best regards,
>
> Patrizia
>
> -----Messaggio originale-----
> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di Curtis Rueden
> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 16:11
> A: [hidden email]
> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>
> Hi Patrizia,
>
>> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
> As stated on the QuimP installation page [1], your "Manage update sites"
> screen should have an entry like this:
>
>
> ?
>
> Regards,
> Curtis
>
> [1]
> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/wiki-pages/installation/
>
> P.S. to Till: Cool software. I encourage you to create some content on the ImageJ wiki about it (e.g. https://imagej.net/QuimP) and add your update site to the official list of update sites. It would alleviate problems like this, and make your software accessible. See also http://imagej.net/Distribution
>
> --
> Curtis Rueden
> LOCI software architect - http://loci.wisc.edu/software
> ImageJ2 lead, Fiji maintainer - http://imagej.net/User:Rueden Did you know ImageJ has a forum? http://forum.imagej.net/
>
>
> On Tue, Jan 17, 2017 at 7:35 AM, Casalini Patrizia < [hidden email]> wrote:
>
>> Dear Till,
>>
>> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
>>
>> Best wishes,
>>
>> Patrizia
>>
>> -----Messaggio originale-----
>> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di
>> Till Bretschneider
>> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 11:22
>> A: [hidden email]
>> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>>
>> Dear Pablo,
>>
>> for quantifying the cortical intensity you might want to try our QuimP
>> software.
>> The latest version is available here:
>> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/
>>
>> It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
>> I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have
>> enough feedback from users of the new version.
>>
>> The new version includes a random segmentation method which is semi
>> supervised. It might help with segmenting the vesicles.
>>
>> Best wishes,
>>
>> Till
>>
>> --
>> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>>
>> La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni
>> riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata
>> esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni
>> informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività
>> caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in
>> cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate
>> cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso
>> indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo
>> messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe
>> essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione,
>> copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di
>> chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della
>> presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non
>> consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei
>> dati
>>
>> This communication, which may contain confidential and/or legally
>> privileged information, is intended solely for the use of the intended
>> addressees. All information or advice contained in this communication
>> is subject to the terms and conditions provided by the agreement
>> governing each particular client engagement. If you have received this
>> communication in error, please notify us immediately by responding to
>> this email; then please delete it from your system. Any use,
>> disclosure, copying or distribution of the contents of this
>> communication by a not-intended recipient or in violation of the
>> purposes of this communication is strictly prohibited and may be
>> unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant
>> neither the sender identity nor the data integrity
>>
>>
>>
>> --
>> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>
> La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati
>
> This communication, which may contain confidential and/or legally privileged information, is intended solely for the use of the intended addressees. All information or advice contained in this communication is subject to the terms and conditions provided by the agreement governing each particular client engagement. If you have received this communication in error, please notify us immediately by responding to this email; then please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or distribution of the contents of this communication by a not-intended recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity
>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

--
Dr. Piotr Baniukiewicz
Department of Computer Science
Senate House
University of Warwick
Coventry CV4 7AL
United Kingdom
room: #330
E-mail: [hidden email]
send large files: https://files.warwick.ac.uk/pbaniukiewicz/sendto

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
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R: R: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Casalini Patrizia
Thank you very much,

I realized that my error was that I didn't change the names of the plugins like SetHeadSnakeFilter-quimp-1.0.5.jar-20170119103751. After  deleting -20170119103751 the Fiji recognized the jar.

Best regards,

Patrizia


-----Messaggio originale-----
Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di Piotr Baniukiewicz
Inviato: giovedì 19 gennaio 2017 12:52
A: [hidden email]
Oggetto: Re: R: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.

Hi Patrizia,

We have slightly changed description of installation procedure on QuimP website [1] to make it less confusing. If you still face a problem with installation please let us know by contact form [2] or email.

[1] http://warwick.ac.uk/quimp/wiki-pages/installation

[2] http://warwick.ac.uk/quimp/issue-call/


Best regards

Piotr Baniukiewicz


On 19/01/17 08:18, Casalini Patrizia wrote:

> Hi Curtis,
> I followed exactly the installation procedure, but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
> Best regards,
>
> Patrizia
>
> -----Messaggio originale-----
> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di
> Curtis Rueden
> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 16:11
> A: [hidden email]
> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>
> Hi Patrizia,
>
>> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
> As stated on the QuimP installation page [1], your "Manage update sites"
> screen should have an entry like this:
>
>
> ?
>
> Regards,
> Curtis
>
> [1]
> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp/
> wiki-pages/installation/
>
> P.S. to Till: Cool software. I encourage you to create some content on
> the ImageJ wiki about it (e.g. https://imagej.net/QuimP) and add your
> update site to the official list of update sites. It would alleviate
> problems like this, and make your software accessible. See also
> http://imagej.net/Distribution
>
> --
> Curtis Rueden
> LOCI software architect - http://loci.wisc.edu/software
> ImageJ2 lead, Fiji maintainer - http://imagej.net/User:Rueden Did you
> know ImageJ has a forum? http://forum.imagej.net/
>
>
> On Tue, Jan 17, 2017 at 7:35 AM, Casalini Patrizia < [hidden email]> wrote:
>
>> Dear Till,
>>
>> I tried to install this plugin but my Fiji has no protocol db.xml.gz.
>>
>> Best wishes,
>>
>> Patrizia
>>
>> -----Messaggio originale-----
>> Da: ImageJ Interest Group [mailto:[hidden email]] Per conto di
>> Till Bretschneider
>> Inviato: martedì 17 gennaio 2017 11:22
>> A: [hidden email]
>> Oggetto: Re: Fluorescence intensity in vesicle and cortex of the cell.
>>
>> Dear Pablo,
>>
>> for quantifying the cortical intensity you might want to try our
>> QuimP software.
>> The latest version is available here:
>> http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/dcs/people/till_bretschneider/quimp
>> /
>>
>> It is a major revision so please let us know if you encounter any problems.
>> I will announce it more widely on the ImageJ user list once we have
>> enough feedback from users of the new version.
>>
>> The new version includes a random segmentation method which is semi
>> supervised. It might help with segmenting the vesicles.
>>
>> Best wishes,
>>
>> Till
>>
>> --
>> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>>
>> La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni
>> riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata
>> esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni
>> informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività
>> caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in
>> cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate
>> cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso
>> indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo
>> messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe
>> essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione,
>> copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di
>> chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della
>> presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non
>> consente di garantire l'autenticità del mittente né l'integrità dei
>> dati
>>
>> This communication, which may contain confidential and/or legally
>> privileged information, is intended solely for the use of the
>> intended addressees. All information or advice contained in this
>> communication is subject to the terms and conditions provided by the
>> agreement governing each particular client engagement. If you have
>> received this communication in error, please notify us immediately by
>> responding to this email; then please delete it from your system. Any
>> use, disclosure, copying or distribution of the contents of this
>> communication by a not-intended recipient or in violation of the
>> purposes of this communication is strictly prohibited and may be
>> unlawful. The transmission technology used to send this mail can
>> grant neither the sender identity nor the data integrity
>>
>>
>>
>> --
>> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
>>
> --
> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html
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> riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata
> esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni
> informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività
> caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in
> cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate
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> indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo
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> consente di garantire l'autenticità del mittente né l'integrità dei
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> is subject to the terms and conditions provided by the agreement
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> ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

--
Dr. Piotr Baniukiewicz
Department of Computer Science
Senate House
University of Warwick
Coventry CV4 7AL
United Kingdom
room: #330
E-mail: [hidden email]
send large files: https://files.warwick.ac.uk/pbaniukiewicz/sendto

--
ImageJ mailing list: http://imagej.nih.gov/ij/list.html

La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati

This communication, which may contain confidential and/or legally privileged information, is intended solely for the use of the intended addressees. All information or advice contained in this communication is subject to the terms and conditions provided by the agreement governing each particular client engagement. If you have received this communication in error, please notify us immediately by responding to this email; then please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or distribution of the contents of this communication by a not-intended recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity

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